MBR/GPT ist eine Eigenschaft einer (initialisierten) Festplatte und nicht von einer Windows-Installation. Mischbetrieb von MBR-HDDs und GPT-HDDs ist auf jeden Fall möglich.
Bzgl. WD Green vs WD Red: Wenn du die Platten nicht wirklich 24/7 betreiben willst, würde ich persönlich zu einer Green...