Es gibt da den sog. "Eyepoint", d.h. die maximale Entfernung, die das Auge vom Sucher haben darf, damit das ganze Sucherbild zu sehen ist.
Bei der D90 beträgt dieser 19,5mm, bei der D5000 sind es 17,9 mm. Bei der D90 hat man also mit Brille weniger Probleme, auch wenn der Sucher größer ist ;)