Habe gerade einen ähnlichen Grafikkartenlüfter Umbau beim PC der Freundin gemacht. Grafikkarte war die lauteste Komponente.
Ich habe die Lüfter über einen freien PWM Fan header am motherboard geregelt.
So könntest du es zumindest überbrücken, bis du herausgefunden wo das Problem liegt, das nervt...