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in site1 ausführen und gucken was kommt. wenn weiterhin ein not found kommt, dann die apache logs prüfen.

Hast Du mal das Debug in der wp-config aktiviert? Es wäre wichtig zu wissen, ob die index.php in site1 auch ausgeführt wird oder etwas anderes den 404 abwirft.

Ok, ich vermute, dass die htaccess in /var/www/html diejenige in /var/www/html/site1 überschreibt oder die in site1 gar nicht gelesen wird. Prüf mal die Apache Config (falls verwendet).

Hast Du mal nen Blick in deine .htaccess geworfen (sofern existent)? Kann es sein, dass durch die htaccess die Installation am falschen Ort vermutet wird?

Da ich keine Zeit habe, mich mit dem Code auseinander zu setzen, hier ein Workaround: In der Datei wp-includes/functions.php, Zeile 1710 eine Existenzprüfung für die Datei wp-config.php einfügen und ein return false abwerfen, wenn sie nicht existiert. Damit kann die Installation dann gestartet...

Das gleiche hier. Neuinstallation auf einem frisch aufgesetzten Debian Buster Server. Wenn man eine wp-config.php von Hand anlegt und WP_DEBUG definiert, kommt im Apache error log das Folgende: [Fri Oct 30 12:42:50.530671 2020] [fcgid:warn] [pid 10213] [client ---:55607] mod_fcgid: stderr: PHP...