So einfach geht das nicht , leider .... Hab auch soetwas vor. Boardsuche: WHS Physical to Virtual.
Man kann zwar mit Acronis die Systemplatte des WHS Clonen und in eine VHD wandeln aber das führt zu Problemen beim Start. An die Migration der DATA HDDs braucht man garnicht zu denken......
Welchen virtualisierer benutzt du oder willst du einsetzten?
Die einfachste Methode wird sein den WHS einfach in einer VM neu zu installieren.
Ich habe vor mir einen PC aufzubauen der auch gleichzeitig den WHS beinhaltet. Dazu braucht man ein Windows 7 (ab Pro denke ich funktioniert das) und den kostenferien HyperV vom Microsoft. Den kann man nämlich auch unter Windows 7 installieren

und das beste ist der ermöglicht es physikalische Festplatten an die VM durchzureichen.
Den Umzug stell ich mir wie folgt vor:
Win7 + Hyperv installieren und eine neue VM ohne HDDs anlegen. Die Platten des WHS ausbauen und mit einem Controller (Achtung ! der WHS braucht vorher die Treiber) an den neuen PC anschließen. Nun kann man der VM die System und Datenplatten direkt zuweisen. Die VM müsste eigentlich starten können; hat sich ja kaum etwas geändert; und man installiert alle nötigen Treiber(HyperVadditions) und fährt die VM wieder herrunter. Jetzt eine oder 2 virtuelle Festplatten hinzufügen auf die die Daten passen. Die VM wieder starten und die Festplatten zum Pool des WHS hinzufügen. Jetzt kann man den Driveextender missbrauchen und die physikalichen HDDs eine nach der anderen entferenen, damit dieser die Daten auf die VHDs verschiebt.
Die Systempartition kann man denke ich auch in eine VHD bekommen. Dies müsste möglich sein sobald der Umzug der Datenplatten abgeschlossen ist. Man müsste ja dan mit diesen Platten eine komplette Wiederherstellung des WHS durchführen können.
Wie gesagt ich muss das noch ausprobieren ^^ hab aber garde weder Zeit noch Geld um das vorhaben durchzuziehen :P