1997 wurde Heston Vizepräsident der Waffenbesitzervereinigung National Rifle Association (NRA) und war von 1998 bis 2003 deren Präsident. Wegen seines Engagements für die NRA wurde Heston vielfach kritisiert. Der Filmemacher Michael Moore stellte Heston in seinem Film Bowling for Columbine (2002) als pietätlos in Zusammenhang mit den US-amerikanischen Schulmassakern dar. Moore behauptete, dass Heston trotz oder sogar gerade wegen des vorangegangenen Schulmassakers kurze Zeit später eine NRA-Versammlung in Denver abgehalten hatte [6]. Dies war die Jahreshauptversammlung der NRA, deren Programm um die Festlichkeiten gekürzt, laut NRA aber wegen der Kürze der Zeit und damit aus rechtlichen Gründen nicht auf einen späteren Termin verschoben werden konnte. Im April 2003 trat er nach seiner Erkrankung an Alzheimer von dem Amt zurück. In seiner Rücktrittserklärung bemerkte er: „You can have my gun when you can pry it loose from my cold, dead hand“ (Sie können meine Waffe bekommen, wenn Sie sie aus meiner kalten, toten Hand lösen können). Zu früheren Forderungen nach restriktiven Waffengesetzen stellte er nur lapidar fest: „I had been misguided!“ (Ich war fehlgeleitet!)
Der US-Rapper Ice-T war bereits Mitte der 1990er in einem Buch hart mit Heston ins Gericht gegangen, nachdem Heston auf einer Time-Warner-Aktionärsversammlung den Wortlaut des allerdings umstrittenen Liedtextes von Cop Killer vorgelesen hatte, woraufhin Ice-T seinen Vertrag mit dem Medienkonzern verlor. Heston galt als entschiedener Gegner der political correctness.