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Nein - würde nichts beeinflussen. Jedoch kannst Du nur Aluminium eloxieren. Wenn dort andere Materialien dran sind, dann wird dies gar nicht gut sein für diese Materialien.
Aber wohl nur die Kühlfinnen, die Heatpipes sind fast imemr aus Kupfer, welches sich nicht Eloxieren lässt.
Wie sich Kupfer beim Eloxieren verhält, weis ich nicht, da es aber eine elektrisch angeregte Oxidation ist (Elektrisch Oxidiertes Aluminium) wird sich das Kupfer wohl recht unansehnlich färben - Zumindest, wenn es auf das Elektrolyt anspricht, welches beim eloxieren verwendet wird.
Ich würde sagen: einfach mal im Fachbetrieb nachfragen
Wenn die Lackschicht dünn ist beeinflusst das die Kühlung kaum, du musst halt 2 dünne lackschichten auftragen, oder eben so viele, bis die Lackschicht deckt.
Aber wirklich nicht übertreiben
Beim Noctua sind doch die Heatpipes vernickelt.
Wenn, dann würde ich sowieso nur die Finnen eloxieren lassen und das sollte eigentlich ohne Probleme möglich sein.