Was Programmfehler angeht, war Die Siedler 4 bei seinem Erscheinen alles andere als sauber. Inzwischen wurden durch Patches die meisten Probleme mit dem Aufbau-Strategiespiel beseitigt. Mit dem neuesten Bugfix unterstützt der Titel von Blue Byte zusätzlich die Nvidia-Grafikkarten-Treiber der Version 12.41 und Clanspiele über die BBGC-Lobby.