Ich vergleiche auch immer Äpfel mit Birnern, oder in diesem Fall dein MSI Intel Brett mit seinem MSI K8N Neo2 für den A64.
Dieses Problem besteht beim K8N neo 2 eben leider und zwar in den meisten Fällen Ausnahmen bestätigen die Regel. Je nach K8N Neo 2 gibt es Abweichungen +/- 10-20°C, auch reagiert Board a) mit BIOS 1.8 komplett anders bei den Temps als Board b mit BIOS 1.8.
Bsp: Board a mit BIOS 1.8 liest auf einmal 10°C weniger aus, als vorher mit 1.5, Bei Board b bleiben die Temps bei 1.5 und 1.8 einfach gleich.
Wieso das so ist, weiß bis heute leider niemand, aber es ist so.
http://www.msi-forum.de/ da findet man sicherlich viele Threads zu dieser Geschichte. Es sollte sogar noch irgendwo ein Thread von einem BIOS Modder zu finden sein, der versucht hat herauszufinden woran das liegt. Ne Lösung dafür gabs meines Wissens nie.
EDIT: Ne grobe Suche im MSI Forum:
http://www.msi-forum.de/search.php?searchid=345710 (im Mainboard AMD Forum wurde nach "K8N Neo2 Temp" gesucht)
Er soll den Kühler halt nochmal kontrollieren und wenn dieser korrekt sitzt, sollte er das ganze einfach ignorieren.
Zu den Formatierungen: Ich schreibe die immer von Hand, daher kann ich dir da leider nicht weiterhelfen.