Es gibt keine Möglichkeit, das mit Boardmitteln zu machen.
Die Daten ansich gehen nicht verloren, aber die zu den Dateien dazugehörigen Metadaten, wie Berechtigungen, Streams etc., da es diese bei FAT nicht gibt.
Außerdem ist FAT auf 2 GiB pro Partition beschränkt, erst mit FAT32 geht mehr.
FAT 32 hat aber das Problem, das eine einzelne Datei nicht größer werden kann als 4 GiB.
Bei NTFS gibt es keine relevante Größenbeschränkung für eine Datei.