Das kostet am Ende Leistung, aber die Ursache ist Kabellänge, Ohmscher Widerstand und Signalqualität.
Dein Problem heißt Ohmscher Widerstand. Durch zusätzliche Übergangswiderstände an Steckkontakten machst du es nicht besser.
Du kannst dickere Kupferadern nehmen um das Problem der Länge zu kompensieren oder einen Steckkontakt durch ein längeres Riser eliminieren.
Der ohmsche Widerstand ist an der Stelle nicht wirklich relevant. Es ist ja nicht so, dass die Ströme (der Signalleitungen) steigen und sich dadurch die Spannung reduziert.
Es geht um parasitäre Effekte und dabei vor allem um kapazitive (als auch induktive) Effekte, die nicht den ohmschen Widerstand beeinflussen, aber die Impedanz (und damit den frequenzabhänigen Widerstand). Neben weiteren internen und externen Störquellen, die eben mit der Leitungslänge steigen, entsteht ein Rauschen. Nimmt dieses Rauschen überhand, versteht man quasi die echten Signale nicht mehr und das sorgt dann für das von dir beschriebene Verhalten.
Es gibt Effekte, die das wieder verbessern. Im Wesentlichen ist das eine Frequenzreduktion oder eine andere, geringere Symbolrate (im wesentlichen werden die Signale wieder einfacher, können dafür aber nicht so viel) oder auch eine bessere Kanalkodierung. (das sind aber alles Sachen, die nicht einfach dynamisch angepasst werden, sondern von der SPEC her kommen müssen.
Da der ohmsche Widerstand nicht das Problem ist, bringen auch dickere Kabel/Adern nichts. Im Gegenteil, die weisen in der Regel eine höhere Kapazität auf und sind daher eher kontraproduktiv.
Die Ursachenherleitung ist an der Stelle also falsch. Sehr wohl ist aber die Reaktion auf die Wirkung gleich und die daraus resultierenden Konsequenzen auch.
EDIT:
Des Weiteren sind auch die Kontaktübergange (sowohl von der Ader zum Stecker, also auch Stecker-Stecker) ein Problem. D.h. dass ein langes durchgehendes Kabel in jedem Fall besser ist als ein gleiches oder ggf. sogar kürzeres, aber eben aus 2 Teillängen bestehendes, Kabel.
Ohne Redriver/Retimer geht da bei langen Übertragungskabeln nix.
Das ist der springende Punkt.
90cm ist schon mehr als sehr lang. Durch die bereits auf dem MB vorhandenen Problem bei der Signalübertragung, schafft man mit einem Redriver quasi direkt am PCIe Slot wieder saubere Signale. Ab da zählt die Länge quasi wieder bei 0 los.