Da Windows diese Platten nicht erkennt, und bei der Installation auch keine anderen Platten in der Bootreihenfolge findet (da sie nicht angeschlossen sind), installiert sich Windows als "Standalone".
Wenn danach dann wieder unbekannte Platten hinzukommen, kannst du diese in Windows einfach über den Gerätemanager deaktivieren und entgehst somit auch möglichen Problemen.
Immerhin hast du jetzt endlich genau dargelegt, WAS du vorhast, und das ist definitiv kein Problem.
Du musst nur dran denken, nachdem du wieder alle Platten angeschlossen hast, deine Linux-Systemplatte als primäres Boot-Device einzustellen und dort in deinem Bootmanager einen Eintrag für Windows hinzuzufügen.
mfg
foxxx