Seit wann das denn? Ich drücke nie die Shift-Taste beim Shutdown. Vielleicht liegt es dadran, aber was soll der sinn dahinter sein eine zusätzliche Taste zu drücken? Dann sollen die das doch nicht shutdown nennen.
Weil es eigentlich keinen Sinn macht, Windows überhaupt "richtig" runterzufahren und Windows das meist eben auch gar nicht tut und auch nicht muss. Wenn Windows einen "richtigen" Reboot braucht, z.B. nach manchen Updates, dann macht es schon einen "richtigen" Reboot (*). Für den Anwender spielt es überhaupt keine Rolle, ausser er benutzt ein besch...eidenes Tool mit dem er unbedingt erfassen muss, wann der Rechner an war, aber das Tool mit nicht-richtig-herunterfahren nicht klar kommt. Unter der Annahme, das es tatsächlich daran liegt.
Leute wollten möglichst kurze Bootzeiten, jetzt haben sie möglichst kurze Bootzeiten, und es passt wieder nicht.
Wenn das nicht Shutdown heißen würde, würden das viele wieder nicht nutzen, weil könnte ja sein das ein "ausgeschalteter" PC dann doch wieder Strom verbraucht, oder nachts anfängt zu brennen und hintenrum würde sich wieder beschwert werden, warum denn das Booten so lange dauert.
Das das Eventlog, wo das Tool ja die Info ausliest, anders aussieht, wenn Windows nicht "richtg" runtergefahren wurde, macht obendrein auch Sinn. Denn wenn man mal nach irgendwelchen Fehlern sucht, ist es ggf. doch sehr relevant, ob Windows nun tatsächlich komplett rebootet hat, oder doch nur irgendwie suspended hat. Unter anderem dafür gibts das Eventlog ja. Ist in deinem Fall halt nur doof, wenn das Tool die "suspend-Einträge" nicht versteht.
Mich stört das eigentlich nur (bzw. fällt mir auf), weil Linux erkennt, wenn Windows nicht "richtig" runtergefahren wurde und dann zur Sicherheit NTFS-Partitionen nur Read-Only mountet. Warum genau, weiß ich nichtmal, aber vermutlich unter anderem, damit man nicht "versehentlich" dem eigentlich nur suspendetem Windows das Hibernatefile unterm Arsch weglöscht.
(*) durchaus auch ungewollt automatisch. Wie ich heute wieder feststellen musste, hat mein Firmenlaptop am Wochenende einen Reboot gemacht. Das ist dem dabei auch scheißegal, das damit eine laufende VM abgewürgt wird, obwohl die wegen sowas geschrottet werden kann, wenns blöd läuft. Windows wird einfach immer untragbarer... zumindest im professionellen Anwendungsbereich. Auf der anderen Seite kann ich aber auch durchaus verstehen, das es schon einen Sinn hat, Anwender in irgendeiner Form dazu zu "zwingen", das Updates irgendwann auch wirklich mal installiert werden.
Seit wann: Seit Windows 10 oder irgendeinem Update zu Windows 10. Tuts jedenfalls schon immer seit ich Win10 nutze.
Wenn du jetzt sämtliche Suspend-Stufen wie oben beschrieben, deaktiviert hast, sollte es, wenn es wirklich daran lag, für dich keine Rolle mehr spielen. Hätte man in diesem Sinne auch weglassen können, wenn man denn immer daran denken müssen will, das man beim Runterfahren-klicken die Shift-Taste halten muss. (oder mit Alt+F4, falls das so auch geht)
Windows "muss" halt immer DAU-kompatibler werden. Das führt aber halt leider zwangsläufig dazu, das es unter der Haube eher komplexer wird und damit halt, das wenns mal drauf ankommt, sich auch Verhalten zeigen kann, das man so nicht erwartet hätte.
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In diesem Fall würde ich statt einem Virenscanner eher einen Arzt empfehlen. 
