Wenn es im Autostart-Ordner nicht steht, sollte es aber über msconfig zu deaktivieren sein. START -> Ausführen -> msconfig -> Systemstart. Wobei ich mich dann frage, wie es dann in die Registry kommt.
Solange Prime95 läuft, kannst du es selbstverständlich auch nicht löschen. Beende erst alle Prime95-Instanzen im Taskmanager (Karteikarte Prozesse), dann solltest du den Prime-Ordner löschen können.