Fehler können theoretisch überall auftauchen und unerkannt bleiben. In manchen Bereichen wahrscheinlicher als in anderen. USB und Netzwerk bleiben nicht verschont - übrigens auch nicht der SATA-Port. Dort kann ein geknicktest / fehlerhaftes / loses SATA-Kabel genau soviele Probleme bereiten, wie in anderen Bereichen auch. Es müssen nicht einmal kosmische Strahlungen sein - ein Software-Bug ist viel häufiger und meistens dramatischer. Im Bereich Netzwerk gibt es viele Mechanismen, die Fehler abhandeln. Auch bei USB finden CRC-Checks statt.
Wie wahrscheinlich / unwahrscheinlich ein unerkannter Fehler, der allein durch die Übertragung per USB / Netzwerk letzten Endes deine Daten zerstört, weiß ich nicht. Im Endeffekt denke ich aber, dass es wahrscheinlicher ist, dass verbuggte Firmware / Software, kaputte Treiber oder ein schlechtes Dateisystem viel häufiger zu Fehlern führen, als Fehler, die primär durch die Übertragung per USB / Netzwerk entstehen.
Ich hatte das Synchronisieren früher auch mal über Windows Sync-Center gemacht, da ich hin und wieder unterwegs an großen Dateien arbeite und diese Offline brauche. Eines Tages hat sich das Programm jedoch dazu entschieden, meinen Arbeitsordner in meinem NAS vollautomatisch rumzukopieren und kryptisch umzubennen, weil ich gleichzeitig am Desktop und Laptop gearbeitet hatte, sodass mich nur noch ein Rollback retten konnte. Bei so einem Software-Fehler hilft dir auch das beste System nicht; nur Snapshots und Backups.
Wie löse ich das Problem? Multiple Backups. Einmal auf USB, einmal aufs NAS und fertig. Wenn der gleiche Fehler auf beiden Backups auftaucht, dann war die Datei von Anfang an kaputt und der Fehler ist nicht wegen Übertragung aufgetreten, sondern vorher schon. Checksummenvergleich vor / nach der Übertragung finde ich schon etwas paranoid (was nicht schlimm ist) und mache ich daher nicht. Wenn ich das machen wollen würde, dann vermutlich über rsync mit der Option --checksum, um sicherzustellen, dass alle Daten auf dem NAS / USB HDD und auf dem Host wirklich gleich sind. Dann musst du das auch nicht händisch machen.