Hab's selbst mangels Blueray-Laufwerk noch nie gemacht (nur DVD's), aber du könntest doch mit MeGUI ein avisynth-script aus der m2ts erstellen und dann nach x264 codieren. Audiospuren demuxen und später wieder in die erstellte MKV muxen.
Weiss aber nicht wie es mit dem Kopierschutz aussieht, da...