Das Problem kenne ich. Zumindest von AMD-Boards.
Was da hilft, ist währrend der Windows-Installation, wenn das Setup das erste Mal neu bootet, die zusätzliche ATA-Platte rein zu hängen... dann ist die SATA C: und die ATA wird erkannt, und man kann booten.
Schließt man die erst später an, und es war vorher schon Mal was drauf, klappt das (zumindest bei mir) nie.