...nur die CPU tauschen ist unkritisch...das MB tauschen kann mehr Probleme verursachen, weil sich Ports und Device-IDs, z.B. für die Controller, Netzwerkkarten usw ändern könnten.
Auch das sollte kein Problem sein, wenn Du alles wieder so in die Slots einbaust, wie es war.
Ich würde vorher das Array runterfahren und den Autostart ausschalten (dann sind aber auch Docker und VMs aus, falls das Services sind, die Du/Deine Clienst brauchen).
Wenn die Disks noch korrekt zugeordnet sind, kann man auch das Array wieder starten.
Evtl. gibt es bei VMs einen "Schluckauf", wenn die erkennen, dass eine andere CPU drin ist (standardmässig wird der Prozessor-Typ und Fähigkeiten 1:1 durchgereicht), aber eigentlich ist das auch kein Problem.
Grundsätzlich ist auch ein kompletter Umzug des Unraid USB-Sticks auf diese Weise kein Problem...wenn die Platten mitziehen auf einen anderen Controller muss man etwas aufpassen (SATA-IDs, S/N, Slots vorher/nachher aufschreiben).
Ein Backup sollte man eh haben, zumindest für die Sachen, die "wichtig und einzigartig" sind.
Ich habe einen zweiten UnRaid Server als Backup und einen weiteren Pool für den "privaten" Share auf meiner Workstation.
Ein kleines, Hardware-NAS (2-4 Slots) mit rsync-Unterstützung könnte das auch leisten, je nachdem über wie viel Daten man hier redet...eine einzelne HDD gibt es ja schon bis 18TB ... die Erstbefüllung ist dann natürlich kein kurzer Spass.
Edit:
oder Du nimmst Dir eine externe USB-Disk (USB3 wäre gut, wenn dass das MB hergibt) und nimmst die mittels dem "unassigned Devices Plugin" in Betrieb, kopierst die Daten dann lokal mit rsync oder MC auf der Shell.