Erstmal sorry für die verspätete Antwort. Ich habe irgendwie vom Forum keine neue Benachrichtigung bekommen und daher angenommen, es gäbe keinen weiteren Beitrag.
Die Canon-Scan-Software funktioniert relativ automatisch, und das Umwandeln nach PDF lässt sich nicht parametrisieren.
Mittlerweile bin ich dazu übergegangen, per XnView zu scannen. Das Programm ruft dazu eine andere Canon-Komponente auf, in der sich einiges einstellen lässt. Der Rest kann mit XnView bearbeitet und dann auch als JPEG abgespeichert werden.
Um die Bilder dann zu einem PDF zusammenzufügen, habe ich Scan2PDF (koma-code.de) ausprobiert, was aber nicht so recht funktionieren wollte bzw. meinen PC lahm legte. Mit dem PDFCreator (pdfforge.org) kann man schön einen PDF-'Drucker' einrichten und auf diese Weise PDFs erzeugen. Jedoch gibt es auch hier Performance-Probleme (riesige temporäre Dateien), und mehr als ein Bild sollte man auch nicht versuchen zu verketten, sonst läuft zumindest auf meinem PC der Lüfter minutenlang auf vollen Touren.
Fazit: Das reine Scannen klappt mittlerweile ganz gut, und die Bilder haben eine annehmbare Größe. Ich suche weiterhin nach einer Software, mit der man diese Bilder – zweckmäßigerweise in Stapelverarbeitung – in ein PDF umwandeln kann. Vielleicht klappt das mit dem Jaws PDF-Editor, der vor einigen Monaten in der c't als Vollversion beilag. Ich werde das testen, sobald vom Hersteller eine Antwort auf meine Anfrage bzgl. eines möglichen Updates von 3.0 auf 3.5 vorliegt.