Du meinst also die automatische Konfiguration? In dem Fall scheint es in Zusammenhang mit verschlüsselten Partitionen Bugs zu geben. Solange sich noch keine wichtigen Dateien auf dem Rechner befinden, lautet mein Vorschlag, eine manuelle Erstellung der Partitionen vorzunehmen und z.B. eine Partition für das BS (root bzw. /), eine SWAP-Partition mit der einfachen oder doppelten Größe des Arbeitsspeichers und eine Partition für das Home-Verzeichnis (/home) zu erstellen. Für das Homeverzeichnis sollte der größte Platz eingeplant werden. Fakultativ kann noch eine Partition für /boot eingeplant werden.
Edit: Unter gewissen Voraussetzungen gibt es auch Probleme bei der manuellen Zuweisung der Partitionen, u.a. sofern die Swap-Partition nach der verschlüsselten Partition erstellt wird. Swap sollte daher vor /home erstellt werden, wenn dieses verschlüsselt werden soll.