grafikkarten haben ja auf der vom M.2 abgewandten seite ihrem kühler.
daher sollte normalerweise keine kollision stattfinden.
was PCIE-4.0 angeht, soweit ich informiert bin, kann eine 2060 garkein PCIE-4.0 sondern nur 3.0, allerdings nutzt sie einen 16er steckplatz.
unterm strich kommt aber der selbe, der oberste steckplatz, dabei in frage.
zur sicherheit wegen kollision kann man auch einfach mal genauer die abmessungen der geplanten SSD/grafikkarte etc vergleichen oder am board messen ob es passt bevor man kauft, sonst nimmt man eben eine andere SSD. wenn irgendwelche maße nicht zur verfügung stehen kann man auch mal beim hersteller anfragen.