Ich verstehe das alles nicht ganz. Vielleicht erklärst du etwas mehr, wenn du Hilfe brauchst.
Du willst einen Bootloader als exe - also gehe ich davon aus, dass es für Windows ist. Aber warum? Warum tuts der Windows Bootloader nicht?
Und wenn du neben Windows noch Linux installiert hast, warum installierst du Syslinux mit Linux, was deutlich einfacher wäre.