Workstation/Matlab-Rechner

[Tz88]

Hi Leute,

mein Prof haett gern, dass ich einen Rechner/Workstation zusammenstelle, die es ermoeglicht, unsre Berechnungen schneller durchfuehren zu lassen.
Die Anwendung, die der PC hauptsaechlich ausfuehren wuerde, waere mit Hilfe von Matlab Bilder (16bit tiff files) und xml-files zu laden, in denen zusaetliche Informationen gespeichert sind, diese auszulesen und daraus ein Spektrum zu erstellen.
Die Gesamtgroesse der Bilder kann schnell mal an die 12 bis 15gb gehen. Dabei wird im Code nicht parallel gearbeitet. Wenn eher nur sehr minimal. Aufgrund der Groesse der Files, wird aber sehr viel Arbeistsspeicher benoetigt.

Generell wuerde sich mein Boss einen Rechner vorstellen. Geld soll rational eingesetzt werden, aber er wuerde auch auf einen PC mit 2 cpu-slots setzen und 32gb und aufwaerts an Arbeitsspeicher. In unsren "aelteren" Workstations von Hp sind auch i7 980X's verbaut, was ich allerdings als Overkill empfinde.
Ich bin generell in solchen Fragen nicht ganz so kompetent, da ich auch nicht weiss, inwieweit es theoretisch moeglich waere 2 Personen parallel auf so einem System arbeiten zu lassen. Sprich virtual desktops? Das hab ich allerdings noch nie angeruehrt.

Sind die workstations von Hp oder andren Anbietern zu empfehlen? Serviceseitig haben wir auch noch eine PC-Abteilung, die fuer Service da waere, moechte aber mir erstmal ein Bild machen.

Gruesse

 

[bimini]

Hi Leute,

mein Prof haett gern, dass ich einen Rechner/Workstation zusammenstelle, die es ermoeglicht, unsre Berechnungen schneller durchfuehren zu lassen.
Die Anwendung, die der PC hauptsaechlich ausfuehren wuerde, waere mit Hilfe von Matlab Bilder (16bit tiff files) und xml-files zu laden, in denen zusaetliche Informationen gespeichert sind, diese auszulesen und daraus ein Spektrum zu erstellen.
Die Gesamtgroesse der Bilder kann schnell mal an die 12 bis 15gb gehen. Dabei wird im Code nicht parallel gearbeitet. Wenn eher nur sehr minimal. Aufgrund der Groesse der Files, wird aber sehr viel Arbeistsspeicher benoetigt.

Was meinst du mit nicht Paralell? Meinst du das das Programm nicht Multitasking Fähig ist?

Generell wuerde sich mein Boss einen Rechner vorstellen. Geld soll rational eingesetzt werden, aber er wuerde auch auf einen PC mit 2 cpu-slots setzen und 32gb und aufwaerts an Arbeitsspeicher. In unsren "aelteren" Workstations von Hp sind auch i7 980X's verbaut, was ich allerdings als Overkill empfinde.

Wenn du einen einzelnen 980X als Overkill empfindest. Wie stellst du dir dann die Dual-Socket Maschine vor. Des Kostet schnell mal des doppelte oder sogar dreifache von einem Singel-980X.

Ich bin generell in solchen Fragen nicht ganz so kompetent, da ich auch nicht weiss, inwieweit es theoretisch moeglich waere 2 Personen parallel auf so einem System arbeiten zu lassen. Sprich virtual desktops? Das hab ich allerdings noch nie angeruehrt.

Das müsste man dann mit XEN,KVM oder VMWare umzusetzten sein. Was wird als Betriebssystem eingesetzte

Sind die workstations von Hp oder andren Anbietern zu empfehlen? Serviceseitig haben wir auch noch eine PC-Abteilung, die fuer Service da waere, moechte aber mir erstmal ein Bild machen.

Wenn ihr eine PC Abteilung habt lasst euch den Rechner von denen hinstellen. Dann habt ihr keine probleme wenn mal was Kaputt ist oder nicht richtig läuft. Wenn die euch dann einen Vorschlag gemacht haben kannst den ja hier mal noch Posten.

 

[Tz88]

Prinzipiell ist es multicorefaehig, wobei unser Code eher auf einen Core ausgelegt ist.
Wir benutzen Win7 Prof.
Zum Thema Xtreme Edition: meines Wissens nach kriegt man fuer 1/3 des Preises (1200 gegenueber 400 oAe) meist 90% der Leistung.

 

[Taderaz]

... In unsren "aelteren" Workstations von Hp sind auch i7 980X's verbaut, was ich allerdings als Overkill empfinde.
Ich bin generell in solchen Fragen nicht ganz so kompetent, da ich auch nicht weiss, inwieweit es theoretisch moeglich waere 2 Personen parallel auf so einem System arbeiten zu lassen. Sprich virtual desktops? Das hab ich allerdings noch nie angeruehrt...

Ich würde bei deinem Vorhaben generell bei solchen Systemen bleiben; sprich die Angebote von HP, Dell usw usf. durchgehen. Da du ja sowieso an einer Uni bist; wie wäre es mit den Admins dort Kontakt aufzunehmen? Die sehen das nicht nur gerne wenn sie informiert werden (vor allem wenn neue Hardware ins Haus kommen soll) sondern honorieren das evtl. auch mit Ratschlägen. Evtl. gibt es auch Vorgaben (Lieferant usw usf...) die es einzuhalten gilt und dann wärest du gut beraten diese zu kennen (bevor du dir viel Arbeit umsonst machst).

Ich hatte zuletzt Mathlab auf einer Linux Workstation laufen auf welcher ich einen Terminalserver (NX-Server) mit Windows Domänenanbindung drauf hatte. Ist alles ein paar Jahre her... hat aber seinerzeit gut funktioniert.

 

[Tz88]

Kontakt ist zu denen schon aufgenommen. Nur generell moecht ich mich dazu gerne auch informieren und dann brauchen sie auch gerne mal Tage bis eine Antwort kommt.
Um das optimale rauszufinden, benoetigt es aber wohl zu viel Zeit, die ich dafuer momentan nicht habe. Halbgares moecht ich aber auch nicht kaufen. Gerade wenn du so was wie Linux ansprichst, bin ich voellig ueberfragt. Ich hatte mal ne Linuxdistribution installiert, aber das ist Jahre her und war nur ne Spielerei

 

[bimini]

Wenn ihr die Software nur auf einem Kern laufen lasst bzw. das dann zweimal kommt es nur auf die IPC und den Takt an. Dann ist ein Multi-Sockel System das komplett falsche da ja ein großer Teil des Potenzials brachliegen würde. Ein Xeon E3-1290V2 ist momentan der Prozessor mit der Höchsten Singel Thread Performance. Siehe : 16 Kerne: Performance-Check mit ASUS Z9PE-D8 WS beim SuperPi Benchmark (der E3-1280V2 entspricht weitestgehend dem i7 i7-3770K nur das der takt um 200Mhz höher ist). Da er einen Basis Takt von 3,7Ghz hat und bis 4,1Ghz hochtaktet wenn nur Last auf einem Kern anliegt. Damit ist der ca. 25% schneller als der 980X. Der einzige Grund auf ein Sandy Bridge E Modell zu setzten währe die einfachere Möglichkeit zu mehr Speicher. Allerdings würde die Performace darunter etwas leiden da die Ivy-Bridge Architektur ein bisschen schneller ist und es Prozessoren mit höhherem Grundtakt gibt.


Ich hab dir mal bei Dell ein passendes System zusammengestellt. Wenn du auf 200Mhz Takt verzichten kannst wird es wesentlich günstiger da du dann keinen Teuren Xeon Prozessor nehmen musst sondern zu einem Konsumer I7 greifen kannst.

 

[pajaa]

Wenn ihr die Software nur auf einem Kern laufen lasst bzw. das dann zweimal kommt es nur auf die IPC und den Takt an. Dann ist ein Multi-Sockel System das komplett falsche da ja ein großer Teil des Potenzials brachliegen würde.
Anhang anzeigen 196276

Aktuell sind die Berechnungen vermutlich nicht parallelisierbar, was aber nicht heißt, daß das jetzt auf alle Zeit so wäre, oder nicht? Ein Dual-Sockel-System hat zumindest deutliche Vorteile bei der Menge an verbaubarem Speicher. ECC reg. empfinde ich da ebenso als Vorteil.

 

[jdl]

Generell wuerde sich mein Boss einen Rechner vorstellen. Geld soll rational eingesetzt werden, aber er wuerde auch auf einen PC mit 2 cpu-slots setzen und 32gb und aufwaerts an Arbeitsspeicher. In unsren "aelteren" Workstations von Hp sind auch i7 980X's verbaut, was ich allerdings als Overkill empfinde.

Wenn viel Speicher benötigt wird, dann führt kein Weg an einem Sockel 2011 System vorbei. Von HP empfiehlt sich hier die HP Z420 mit Xeon E5-1620, der hat hohe single thread Leistung.

Ich bin generell in solchen Fragen nicht ganz so kompetent, da ich auch nicht weiss, inwieweit es theoretisch moeglich waere 2 Personen parallel auf so einem System arbeiten zu lassen. Sprich virtual desktops?

Bevor Ihr an solche Dinge denkt, wäre es sinnvoll den Code entsprechend zu überarbeiten.

1. Matlab ist prinzipiell multithreadfähig, wenn der Code sinnvoll laufen soll ist das ein notwendiger Schritt. Andernfalls werden Resourcen verschwendet. Die Verarbeitungszeit sinkt entsprechend ab, wenn der Code parallel läuft.
2. Modernisiert das Programm so, daß als als Batchjob laufen kann. Ist für alles weitere ein notwendiger Schritt!
3. Die Batchjobs läßt man üblicherweise über einen Jobscheduler abarbeiten, so werden die Resourcen effektiver genutzt, und das System kann auch über Nacht arbeiten. Falls Ihr in Eurer Arbeitsgruppe das System betreiben wollt, wäre ein Server sinnvoll und keine Workstation! Die Größe des System muß entsprechend kalkuliert werden.
4. Könnt Ihr Zugang zu einem Cluster bekommen? Falls ja, Matlab Compiler benutzen (man braucht so keine Matlab Lizenzen während der Programmausführung) und die Jobs auf dem Cluster abarbeiten lassen. In diesem Fall gewöhnt Euch schon einmal an Linux, das ist der de facto Standard für Cluster insbesondere im universitären Umfeld.

Sind die workstations von Hp oder andren Anbietern zu empfehlen?

Die System von HP sind sehr gut - vielleicht etwas teuer, aber dafür gibt es auch entsprechenden Support.

 

[bimini]

Aktuell sind die Berechnungen vermutlich nicht parallelisierbar, was aber nicht heißt, daß das jetzt auf alle Zeit so wäre, oder nicht? Ein Dual-Sockel-System hat zumindest deutliche Vorteile bei der Menge an verbaubarem Speicher. ECC reg. empfinde ich da ebenso als Vorteil.

Ja klar. Ich bin jetzt mal davon ausgegamgen das der TE nicht vorhat das Programm umzuschreiben.
Und ECC gibts auch bei SingelSocket.

Ich .uss mich generell aber jdl anschließen und empfehle euch dringend eure Berechnungen Multithread fähig zu machen.