Ja es wird gegenüber 2.0 Performanceeinbrüche geben. Allerdings werden sie wahrscheinlich so klein sein, das es nur messbar ist. Man betrachte die heutigen Unterschiede von 4x zu 16x PCIe.
Schau dir mal die Werte des hier getesteten Gigabyte GA-MA69G S3H an. Es wurde mit 4x und 16x getestet...