Wie siehts mit dem "Programme" Ordner und dem "Dokumente und Einstellungen" Ordner aus? Haben die auch eine spezielle Bezeichnung? Wenn ja, kannst du diese, genau wie den "windows.0" Ordner normalerweise einfach löschen.
Um den Boot-Manager zu deaktivieren, bzw. um das zweite System aus der Auswahl rauszukriegen, musst du die Boot.ini bearbeiten. Diese findest du auf dem Laufwerk C. Aber du kannst auch über die Systemsteuerung gehen. Unter "System -> Erweitert -> Starten und Wiederherstellen -> Systemstart -> Bearbeiten" kannst du diese Datei editieren.