Hey, cool, dass du das alles dokumentierst!
Ich habe mir selbst vor einem Monat einen gebrauchten Ender 3v2 geholt und ähnliche Erfahrungen gesammelt wie Du.
Bei mir war die Z Achse auch schief, da musste ich nochmal alles auseinander bauen, da hatte der vorbesitzer geschlammt. Mittlerweile ist es fast gerade.
Ich hatte mir relativ schnell ein Federstahl Bed gekauft, weil ich mit wem Glas auch immer wieder Probleme hatte. Mal hielt überhaupt nix, mal habe ich das Modell nicht mehr abbekommen. Mit dem Federstahl ist es jetzt wesentlich entspannter.
Für die Füße kann ich dir die Modelle mit Squash Ball empfehlen, die entkoppeln das ganze Teil.
Ansonsten habe ich auch wie du erstmal diverse Lüftermods gebaut, beim Mainboard bin ich aber beim original geblieben, wenn man da einen Noctua o.ä. verbaut, wird es auch sehr leise.
Am Hotend sind bei mir jetzt auch zwei Noctua mit passender Halterung, dadurch ist der Drucker echt leise geworden.
Leider muss man da mit 24V => 12V arbeiten aber egal.
Weiteres schönes mod ist ne Schublade, in die man den Pi einbaut, dann hat man kaum noch Kabel rumfliegen. Mit sind am Anfang 1-2 drucke abgebrochen, weil das USB Kabel zum OctoPrint rausgerutscht ist, sehr nervig.