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Das sind beides Dual-Cores. Nur ein völlig anderes Design - die Core 2 Duo's (also die Exxxx) sind die neueren und besseren. Zwecks Preis- und Leistungsvergleich solltest du eher den E6300 mit dem D945 vergleichen. Die haben etwas den gleichen Preis und die gleiche Leistung - der E6600 hat einen deutlich höheren Takt. Nur die Core 2 Duo brauchen wesentlich weniger Strom (=einfachere Kühlung).
Die Empfehlung ist halt klar: einen Core 2 Duo nehmen, sofern dein Board den unterstützt.