Klar "geht" das. Kauf dir z.B einen HP N36L pack dir da so viele Platten rein wie du brauchst, evtl noch nen günstigen Raidcontroller und installier dir eine NAS Distribution deiner Wahr z.B FreeNAS oder Openfiler alternativ kannste dir auch ein Linux nehmen und die nötigen Funktionen wie SMB und co selber installieren.
Ansonsten wenn du unbedingt selber bauen willst, kauf dir ein Mini-ITX Board + Pico PSU. In wie weit es günstige Gehäuse mit Hotswap gibt weiß ich jetzt allerdings nicht.
Ich gehe mal davon aus, dass sich in Sachen Stromverbrauch kein großer Unterschied zwischen EIgenbau und Qnap feststellen lässt. Mit zusätzlichem Hardware Raid Controller könnten es aber ein paar Watt mehr werden...