Die zfs receive Fehlermeldung "failed to read from stream" ist leider nicht besonders aufschlussreich. Das kann beideuten dass gar keine Daten empfangen werden, diese korrupt sind oder ein sonstiges Problem besteht.
Prinzipiell scheint die Appliance Gruppe ja zu funktionieren. Werden denn die ZFS Dateisysteme der Gegenstelle im Menü Ectensions > Appliance Group angezeigt wenn man auf ZFS klickt.
Kann es ein Netzproblem geben (mehrere Netzwerkkarten im gleichen Subnet, mehrere Einträge in der Appliance Group - dann auf beiden Seiten Members löschen und neu anlegen, ist Jumbo aktiv - macht gerne mal Probleme)
Sind die Pools auf beiden Seiten featuremäßig gleich?
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Wenn man vergleichbare CPU Leistung und RAM veranschlagt und HBA Pass-through nimmt, ist ein virtualisierter Storageserver fast so schnell wie Barebone. Virtualisiertes Netzwerk bremst manchmal wobei vmxnet3 unter ESXi schon gnadenlos gut ist. Ist aber kein Selbstzweck sondern ideal als "lokaler" Storage für VMs.
ESXi Free kann man auch kommerziell nutzen. Die Kaufversion hat dann halt Vcenter (zentrales Management vieler ESXi), Vsan (ZFS ist besser) oder Hot-Move von VMs.
Von USB Srick Boot halte ich wenig, selbst bei ESXi finde ich eine kleine SSD viel zuverlässiger und der Server booted einfach viel schneller. Beim US Laufwerk könnte man auf PLP verzichten. Ich bevorzuga aber auch da die kleinsten/billigsten Intel DC SSDs.