Während sich das Phenom Mini-ITX äußerlich in einem deutlich anderen Design als das Prodigy zeigt, sind im Innenraum kaum Unterschiede auszumachen. Auch das Mini-ITX-Modell der Phenomreihe ist vor allem für zwei Nutzungsszenarien geeignet: Als Storagegehäuse nimmt es bis zu sechs 3,5-Zoll-Festplatten (fünf in den beiden Festplattenkäfigen, eine per Adapter im 5,25-Zoll-Käfig) oder ganze elf SSDs. Dann sollte aber auf eine Grafikkarte verzichtet werden.
Wird das Phenom Mini-ITX hingegen für ein Gamersystem mit leistungsfähiger Grafikkarte verwendet, kann der obere 3,5-Zoll-Käfig einfach entfernt werden. Werkseitig vertraut BitFenix für die Kühlung erneut auf zwei 120-mm-Spectre-Lüfter. Der größte und nicht ganz nachvollziehbare Unterschied zum Prodigy ist, dass es zwar einen 5,25-Zoll-Käfig gibt, aber kein 5,25-Zoll-Laufwerk genutzt werden kann. Die Kunststofffront hat schlicht keine entsprechende Öffnung (der Stahlkorpus aber sehr wohl - im Prinzip könnte man ein optisches Laufwerk nutzen, wenn man dauerhaft auf die Kunststofffront verzichtet). Der 5,25-Zoll-Käfig ist nur noch ein Relikt, dem BitFenix mit dem beiliegenden HDD/SSD-Adapter nur wenig Existenzberechtigung geben kann.
Am rechten Seitenteil sitzen die Anschlusskabel der Bedienschalter, der Status-LEDs und des I/O-Panels. Ein Kunststoffgitter stellt weitere SSD-Montageplätze bereit.
Hardware lässt sich in Mini-ITX-Gehäusen meist nur mit deutlich mehr Aufwand als in typischen Tower-Gehäusen montieren. Das vergleichsweise geräumige Phenom Mini-ITX ist zumindest teilweise eine Ausnahme. Solange vergleichsweise kompakte Hardware genutzt wird und man nicht die Grenzen des Machbaren auslotet, ist die Montage weitgehend unkompliziert. Sie wird zusätzlich durch werkzeuglose Montagemechanismen für Erweiterungskarten und 3,5-Zoll-Festplatten (in den Käfigen, im Adapter wird die Festplatte hingegen verschraubt) beschleunigt. Etwas aufwendiger ist wegen des Gehäusevolumens nur das Anschließen der diversen Netzteil- und Gehäusekabel. Mit Blick auf die Grafikkarte ist im Vergleich zum Prodigy noch festzustellen, dass das Phenom Mini-ITX anders als das Prodigy keine Luftöffnungen mehr im linken Seitenteil hat.