Die beiden Deckellüfterplätze werden hingegen über einen seitlichen Schieber geöffnet und geschlossen. Beim Öffnen laufen automatisch die beiden 140-mm-Deckellüfter an, beim Schließen werden sie hingegen ausgeschaltet. Diese "Air Chimney"-Lösung hat Nanoxia schon beim Deep Silence 1 eingesetzt. Je nach Bedarf profitiert der Nutzer entweder vom komplett verschlossenen Deckel oder von der zusätzlichen Kühlleistung der Deckellüfter. Anders als die Deckellüfterplätze sind die beiden Seitenteillüfterplätze (120 oder 140 mm) optional und im Auslieferungszustand fest verschlossen.
Die beiden Seitenteile werden mit je zwei Rändelschrauben an der Gehäuserückwand fixiert. Dass sie sich trotz ihrer Größe und ihres hohen Gewichts gut handhaben lassen, liegt auch an den rückseitigen Griffmulden. Die werkseitige Gehäusekühlung wird durch einen 140-mm-Rückwandlüfter abgerundet. Oberhalb des Lüfters deuten vier großzügige Schlauchdurchführungen schon an, dass Nanoxia das Deep Silence 6 Rev. B durchaus auch als wasserkühlungsgeeignet vermarktet. Unterhalb des Lüfters lassen ganze zehn Erweiterungskartenslots hingegen schon erahnen, was für Möglichkeiten das Gehäuse bei der Komponentenwahl eröffnet.
Vor dem Lufteinlass des ATX-Netzteils und den optionalen Bodenlüfterplätze (zweimal 120 mm bzw. einmal 140 mm) stellt ein langer, nach hinten herausziehbarer Textilfilter den Staubschutz sicher. Passend zum dezenten Gehäusedesign steht das Deep Silence 6 Rev. B auf silbernen HiFi-Füßen mit schützender Gummiauflage.