Die 5,25-Zoll-Laufwerke werden mit Kunststoffverriegelungen gesichert. Im 5,25-Zoll-Käfig sind auch die beiden 3,5-Zoll-Adapter zu sehen.
Anders als bei der ersten Revision gibt es beim Deep Silence 6 Rev. B scheinbar eine klare Aufgabenteilung zwischen den beiden unteren Laufwerkskäfigen. Der größere vordere Käfig stellt zehn 3,5-Zoll-Laufwerksplätze bereit. Die Festplatten werden mit den einzelnen Laufwerksschubladen verschraubt und dabei durch relativ dicke Gummiringe entkoppelt. Prinzipiell können diese Laufwerksschubladen auch 2,5-Zoll-Laufwerke aufnehmen, doch für diese Aufgabe ist die 2,5-Zoll-Laufwerkshalterung im hinteren Käfig besser geeignet. Hier werden selbst 2,5-Zoll-Laufwerke entkoppelt. Bei SSDs ist eine Entkopplung zwar überflüssig, für 2,5-Zoll-Festplatten kann sie aber nützlich sein. Die Laufwerkskäfige wurden von Nanoxia aber so flexibel gestaltet, dass mit beiliegenden Laufwerksschubladen auch im kleineren Käfig 3,5-Zoll-Laufwerke untergebracht werden können. Wer auf die 2,5-Zoll-Laufwerkshalterung verzichtet, kann so problemlos 13 3,5-Zoll-Festplatten unterbringen.
Der kleinere HDD/SSD-Käfig ist modular und kann versetzt montiert oder auch komplett ausgebaut werden. Dann ist es möglich, am Lüfterhalter des großen HDD/SSD-Käfigs nicht nur zusätzliche Lüfter, sondern auch einen Dual-Radiator (240 oder 280 mm) mit bis zu vier Lüftern zu installieren.
Zahlreiche Kabeldurchführungen stellen sicher, dass das Kabelmanagement unabhängig vom Mainboardformat bewerkstelligt werden kann. Passend für die Auslegung auf Dual-Sockel-Mainboards hat Nanoxia auch gleich an zwei Aussparungen im Mainboardtray für die CPU-Kühlermontage gedacht. Die kleine Platine unterhalb des Deckels sorgt dafür, dass der "Air Chimney" zum "Active Air Chimney" wird. Sie ist dafür zuständig, dass die Lüfter mit dem Öffnen und Schließen der Deckellüfterplätze an- und ausgeschaltet werden. Es können bis zu drei Lüfter daran angebunden werden (im Auslieferungszustand sind die beiden Deckellüfter angeschlossen). Von der Platine führt ein 3-Pin-Anschluss zur Lüftersteuerung. Die Deckellüfter belegen so nur einen einzigen Anschluss der Lüftersteuerung. Alle vormontierten Lüfter benötigen dementsprechend nur vier von acht verfügbaren Anschlüssen.
Im geräumigen Inennraum lässt sich gut arbeiten - und das nicht nur bei der Installation von Micro-ATX-Systemen. Die Montage der Komponenten ist generell unkompliziert. Nur die Installation der 2,5- und 3,5-Zoll-Laufwerke benötigt auf Grund der klassischen Schraubmontage etwas mehr Zeit.