Die Lüfter haben sich immer (beim POST, im EFI, im Linux) gedreht bis zu dem Moment, als das Windows vom Microsoft-Treiber zum Crimson Treiber gewechselt hat. Daher meine Vermutung.
Dass die Lüfter still stehen kann auch einfach daher kommen, dass die PWM auf einen zu niedrigen Wert fixiert ist...