Einfach Antwort: So ziemlich Alle.
Etwas detaillierter: Die Frage ist sehr schwierig zu beantworten, sie wäre mir wohl leichter zu beantworten, wenn ich aufzählen würde, was ich nicht selbst kompilieren musste. An den Großteil (und die Gründe dafür) kann ich mich nicht erinnern, denn im Prinzip komḿt fast täglich etwas Neues hinzu (z.B. gerade gestern Doom64EX), darum hier nur ein paar Beispiele:
-VLC weil der aus den Quellen keine Unterstützung für HTSP hat.
-diverses virtio Zeugs und Qemu, weil die aus den Quellen keine Unterstützung für Spice GL haben
-circa 20 verschiedene Emulatoren für alte Konsolen und Heimcomputer, weil die aus den Quellen dermaßen veraltet sind, dass ihnen eine Menge wichtiger Features und Kompatibilität fehlen
-GIMP, weil irgendein Plugin inkompatibel zur Version war oder sowas..
-OpenShot, weil die Version aus den Quellen durch Bugs bzw. Instabilität unbrauchbar ist
-SMPlayer, sowie mpv weil was auch immer nicht funktionierte, schon lange her
-unendlich viele Abhängigkeiten z.B. so ziemlich alle für Multimedia nötigen Libraries, weil diverse Abhängigkeiten der selbstgebauten Multimediaplayer es erforderlich machten.
-hunderte kleiner und kleinster Tools, die sehr spezifischen Zwecken dienen, wie z.B. der Konvertierung eines exotischen Dateiformates von uralten Konsolen ROMs, C64 Tape-Files usw, aber nicht nur emulationsbezogen
-eine Menge Audiokram, wegen der Nutzung des Systems für DAW-Zwecke, z.B. Tools und JackAudio-Plugins für die Unterstützung von Windows-VSTs
-Webserver, wegen spezieller Optionen
-einige Tools die in Verbindung stehen mit der Entwicklung bzw. Programmieren von Microcontrollern, also avrdude usw, weil da Einiges stark veraltet bzw gar nicht vorhanden war
-und halt Massen an anderem Kram der zum größten Teil in ähnliche Interessenfelder fällt, den ich teilweise vielleicht auch nur einmal brauchte usw.
All diese Dinge stehen nur exemplarisch, und man kann ausgehen dass ich in den meisten Fällen auch noch zig Alternativen ausprobiert und diese auch zum großen Teil kompiliert habe, bis endlich eine halbwegs zufriedenstellende Lösung gefunden war (Was ich immer noch schwerst vermisse ist ein guter Player, wie MPC-HC und auch die komplexen Möglichkeiten dant der guten Bedienung von ffdshow)
Wie man vielleicht nachvollziehen kann, bin ich nun schon länger am zweifeln, ob für mich die existenten Quellen zum OS überhaupt noch einen Wert haben, bzw auf ein flexibleres OS wie Arch oder Manjaro auszuweichen, denn ich habe den Eindruck dass Alles was ich nicht selbst kompiliert habe, sowieso nicht ausreicht, und da erscheint es schon fast sinnvoller ein System von Null aufzubauen, als immer um den "Stock"-Kram herumzubauen.
Vielleicht erwarte ich nach Meinung Einiger ja zu Viel für ein einzelnes System, aber ich habe nun mal viele Interessen, und den Anspruch jedes davon mindestens genau so gut abzudecken, wie ich es in den 40 Jahren persönlicher Computergeschichte davor irgendwann einmal als bestmöglich erlebt habe. Dazu gehört auch eine möglichst effiziente Bedienung und optimale Performance (wodurch VMs und Multiboot schon ausscheiden). Jede einzelne Aktion, ob Mausklick oder Tastendruck, von der ich weiß, dass sie prinzipiell vermeidbar wäre nervt mich daher tierisch. Für mich hinkt mein aktuelles System (unter Xubuntu 18.04) im Gesamten trotz Allem leider insgesamt immer noch hinter der Usability und dem Spaß hinterher, den ich damals zu den besten Windows-Zeiten (Windows 2000/XP) hatte, und geradezu unendlich weit von Dem entfernt, was ich mir persönlich im Geiste als "perfektes" OS mit den Vorzügen aller OSses die ich jemals erlebt habe, ausmale.
So gibt es selbst heute sogar immer noch Einiges, das damals schon auf Amiga OS wesentlich praktikabler und angenehmer gestaltet war als jemals danach unter Windows oder Linux (oder Sonstwas...). Und viele Dinge, die in der Vergangenheit unter dem einen oder anderen OS schon Mal richtig komfortabel und wie aus einem Guss funktionierten, bringen heute ständig neue Probleme, weil die Einzelteile einfach nicht zusammenpassen. Heute muss ich ständig Irgendetwas deaktivieren, umschalten, umkonfigurieren, weil das für LowLatency-Audio-Output Nötige (trotz zweier Soundkarten) nicht mit DDL-Passthrough zusammengeht, die eine Anwendung nicht vernünftig mit noveau, und die Andere nicht vernünftig mit dem nvidia-Treiber zusammen arbeitet, und Massen anderer Problemchen. Leider wurde ja Windows durch MS ab Vista aufwärts immer weiter, bis hin zur völligen Unverwendbarkeit, abgewrackt (ineffizient-unlogisches UI-Neudesign, immer weiterer Verlust von obligaten Features und obendrein noch Verseuchung durch Malware ab Werk); und somit bastele ich nun seit ca. 6 Jahren mit Linux herum, in der Hoffnung irgendwann mal wieder ein akzeptables OS zu erleben xD