Es dürfte aber unbedenklich sein, alle User-Anwendungen mit Titanium Backup zu sichern (SMS per SMS Backup & Restore). Bei der Neuinstallation sollte man dann aber nur die Daten (nur von Apps, wo es wirklich notwendig ist) wiederherstellen und zuvor die Apps aus dem PlayStore frisch installieren. Systemeinstellungen und Daten von Systemapps sollten natürlich nicht wieder hergestellt werden.
Ablauf wäre dann wie folgt:
1. Mit Titanium Backup alle User-Anwendungen inkl Daten sichern
2. SMS Backup machen
3. Inhalt der (internen) SD Karte komplett auf den PC kopieren
4. SD Karte übers Menü formatieren/leeren
5. Factory Reset durchführen
6. CM9.1 Zip auf die interne SD kopieren
7. In Recovery Wipe Data und anschließend Rom (+gapps) installieren
8. nur wirklich notwendige Daten (wie Bilder/Fotos, Musik, Titanium Backup Ordner, bestimmte Apps Ordner etc) vom Backup auf dem PC wieder auf die interne SD kopieren
9. Apps installieren (über den PlayStore wiederherstellen lassen, sofern es vorher eingestellt, ansonsten manuell - in Titanium Backup sieht man ja alle fehlenden)
10. Daten bestimmter Apps wiederherstellen
11. SMS Restore
Habe vor ein paar Tagen vom S2 aufs Nexus gewechselt und da natürlich diverse App-Daten wiederhergestellt. Und ich hab keine Probleme. Man sollte sich da eben nur auf Apps beschränken, wo die internen App-Daten wichtig (und sonst nicht wiederherstellbar) sind.
PS: Spielstände sind doch bestimmt eh auf der (internen) SD Karte und da sollte es doch bestimmt reichen, diese vorher zu sichern und anschließend wieder aufs Handy zu kopieren.