So, wie ich das verstanden habe, gings in der Diskussion doch erstmal primär um Interconnects und Vias. Die sind schon dreidimensional, da ist die Höhe häufig mehrere Dutzend Mal größer, als das zu verdrahtende Bauelement breit ist (von der Gatelänge ganz zu schweigen...).
Also: Zwar liegen nach Möglichkeit die Transistoren alle auf demselben Substrat (und man ist auch daran interessiert, das so zu lassen, weil man sonst nicht mehr so ohne weiteres Planartechnik verwenden kann), aber deren metallische Verbindungen gehen mehrere "Stockwerke" darüber hinaus.
Übrigens ist das auch nicht ganz wahr, es hat durchaus seine Vorteile, wenn man nicht mehr an Planartechnologie gebunden ist. Man kann dann zum Beispiel PowerMOS-Transistoren bauen (oder andere Leistungselektronikhalbleiterbauelemente, siehe IGBT oder Thyristor) und wäre damit für den Bereich der Leistungselektronik gerüstet. Warum man das in Chips wollen sollte, weiß ich allerdings nicht, es sei denn, jemand hat Interesse daran, Ströme im kA- und Spannungen im kV-Bereich da durchzujagen.
Jedenfalls muss DRAM nicht zwangsläufig einfacher zu verdrahten sein als "komplexe" Logik, mitunter hat man dort sogar mehr Interconnects. Der Vorteil liegt aber ganz stark darin, dass das mehr oder minder eine homogene Struktur ist, die ziemlich geordnet aufgebaut ist, wohingegen das, was Synthesetools heutzutage so für eine ALU an Masken generieren, ziemlich chaotisch aussieht (bzw. aussehen kann).