Im Grunde ist es egal, ob Du jetzt alle auf +x oder auf -x stehen hast, entscheidend ist ja nur der Unterschied zwischen den einzelnen LS. Wenn Du von vorneherein auf + stellst, dann musst Du weniger hochdrehen um eine bestimmte Lautstärke zu erreichen, aber die maximal erreichbare Lautstärke bleibt die gleiche. Audyssey nimmt als Referenz IMHO 75 dB für die Einmessung, d.h. wenn es Deine Lautsprecher auf -4 einmisst, dann erreichen die mit dem Wert 75 dB bei der Einmessung.
Das unterschiedliche Quellen unterschiedlich laut sind kann man normalerweise im Eingangssetup des AVR korrigieren und da jeder Quelle eine Pegelanpassung geben.
Eine vernünftige Subwoofer-Einmessung liefert nur Audyssey XT32, die Varianten darunter sind alle mehr oder weniger stark eingeschränkt.