Grundsätzlich: ja. Ein CRS ist trotz des gleichen OS wie der hEX S oder ein CCR erstmal als Switch gedacht. Dementsprechend ist er ausgelegt und dementsprechend sinkt die Performance, wenn man ihn als Router missbraucht.
In Deinem Fall: kommt darauf an. Wenn Dein gesamtes lokales Netzwerk im gleichen Subnetz (best practice: gleiches VLAN) liegt und Du nur einen DSL-Breakout brauchst, wird es keine Rolle spielen.
Das liegt zum einen daran, dass der hEX S zwar gut, aber kein High-Performance-Router und zum anderen der CRS309 ein recht dicker Switch ist. Wenn der CRS aber auch IPsec spielen soll, so hätte der hEX (wegen der Hardwarebeschleunigung) wieder deutlich die Nase vorn.
Du kannst Dir hier den Routing Durchsatz für die beiden Geräte ansehen:
MikroTik Routers and Wireless - Products: hEX S
MikroTik Routers and Wireless - Products: CRS309-1G-8S+IN
Wie gesagt, die Geräte liegen auf Grund ähnlicher HW-Ausstattung dicht beieinander.
Wenn Du jedoch mit unterschiedlichen Subnetzen arbeiten willst und (was Deine Switch-Wahl nahelegt) auf 10G wert legst, sind beide Geräte überfordert. Dann bist Du in der CCR-Klasse angekommen. Die kosten zwar etwas mehr, aber sind echte Router. Hier als Beispiel der kleinste CCR1009:
MikroTik Routers and Wireless - Products: CCR1009-7G-1C-1S+
Ich kam von einem CRS326, den ich als temporär als Router nutzte, über den hEX S zum CCR1009. Und bin saumäßig zufrieden damit. Der Unterschied war jedoch deutlich krasser als zum CRS309 und ich nutze getrennte Subnetze für die einzelnen VLANs. Hier die CRS326 Werte:
MikroTik Routers and Wireless - Products: CRS326-24G-2S+RM
Grundsätzlich scheint es auch erstmal alles einfacher zu machen, alles auf einem Gerät zu konfigurieren. Meiner Meinung nach ein Trugschluss, das Gegenteil ist der Fall. Auf dem Switch die Ports und VLANs konfigurieren und einen Trunk Port zum Router. Dort dann die entsprechenden Regeln konfigurieren.
Wenn Du langfristig ausschließen kannst, mit VLAN-getrennten Subnetzen zu arbeiten, dann kannst Du den hEX S in Rente schicken und alles auf dem CRS machen.
Wenn Du das jedoch irgendwann umsetzen willst und vielleicht sogar schon VLANs hast (im gleichen Subnetz), so empfehle ich Dir, den hEX S als Stellvertreter laufen zu lassen. Wenn Du dann umstellen willst, ist es mit wenig Konfiguration getan, alles über den CCR zu routen.
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Dazu kommt noch: in Deinem Fall hängen zwar alle SFP+ Ports am gleichen Switch Chip:
https://i.mt.lv/cdn/rb_files/CRS309-1G-8Splus-190204092300.png
Sobald Dein CRS aber irgendwelche L3 Features erledigen soll, muss es über die CPU laufen, was diese wiederum im Routing bremst.