Wenn der Shuttle die gleiche Leistung erbringen soll, wie dein jetziger Rechner, dann wird das leider nichts
Deine Grafikkarte passt da nicht rein, nur einen freien PCI-Slot gibt es, den du dann mit einer PCI WLAN-Karte belegen möchtest. Selbst wenn es PCIe geben sollte, wäre auch nur eine Singleslot-Karte möglich. In Anbetracht des 100W schwachen Netzteiles wäre aber auch der Einsatz fragwürdig.
Board und NT kannst du verkaufen. Ich an deiner Stelle würde es jedoch behalten und u.U. einen anderen Rechner damit bauen.
Ob der Ninja reinpasst, kann ich Anfang nächster Woche beantworten, wenn ich meinen Shuttle habe. Bisher ist das Innenleben nur Vermutung.