Der Mainboardtray ermöglicht mit einer großzügigen Aussparung die Montage von Prozessorkühlern mit Backplate. Nicht ganz so optimal sind die Voraussetzungen für das Kabelmanagement. Nur der zur Front zeigende Teil des Trays ist weit genug vom Seitenteil weggerückt, um Kabel zu verbergen. Dafür können die Kabel unter der erwähnten Abdeckung verstaut werden - zumindest dann, wenn man sie nicht aus Kompatibilitätsgründen ausbauen muss.
Der normalerweise von uns genutzte Towerkühler fand im Pandora nicht genug Platz. Weil BitFenix das Gehäuse ohnehin mit dem 240-mm-Radiatorenplatz bewirbt, haben wir den Luftkühler durch eine Komplettwasserkühlung ersetzt. Die Antec Kühler H2O 1250 wurde uns von Antec zur Verfügung gestellt - dafür möchten wir uns an dieser Stelle bedanken. Der AiO-Lösung dient ein 240-mm-Radiator als Wärmetauscher. Ungewöhnlich ist der Aufbau der Kühlung, bei der zwei Pumpen praktisch oberhalb der Lüfternaben sitzen. Dadurch sind Veränderungen an dem Kühler H2O 1250 kaum möglich. Auch eine Anpassung des Luftstroms an die Nutzung als Frontradiator (eigentlich ist eine Montage als Deckelradiator vorgesehen) ist nicht möglich. Dementsprechend wird das Gehäusekühlkonzept über den Haufen geworfen, weil die Lüfter nicht einsaugen, sondern aus der Front herausblasen. Der 240-mm-Radiator macht außerdem den Ausbau der Kabelverkleidung nötig und reduziert den Platz für die Erweiterungskarten um seine Dicke.