Im Inneren sieht das Define Nano S tatsächlich wie ein geschrumpftes Define S aus. Einen Laufwerksschacht gibt es nicht, auch einzelne Laufwerkskäfige sucht man vergeblich. Dafür gibt es einen ungehinderten Luftstrom quer durch das Gehäuse und die Möglichkeit, einen mächtigen Frontradiator zu installieren. Seine Bauhöhe wird praktisch nur durch die Länge der Grafikkarte limitiert. Allerdings sollte der Radiator nicht länger als 31,2 und nicht breiter als 14,7 cm sein.
Irgendwo müssen dann aber doch Laufwerke installiert werden. Einer der beiden 3,5-Zoll-Laufwerksplätze befindet sich unmittelbar über dem Gehäuseboden. Eine 3,5-Zoll-Festplatte (optional auch ein 2,5-Zoll-Laufwerk) kann hier einfach mit einem Laufwerksträger verschraubt werden - dafür muss der Laufwerksträger allerdings erst ausgebaut werden. Auch an entkoppelnde Gummipuffer wurde gedacht. Der Laufwerksträger ist aber nicht nur ein Laufwerksträger - zusätzliche Bohrungen sind auf gängige Wasserkühlungspumpen (speziell DDC- und D5-Modelle) abgestimmt. Einen Ausgleichsbehälter kann man hingegen mit den beiliegenden Streben am Tray zwischen Mainboard und Frontlüfter installieren.
Das ATX-Netzteil wird durch kleine Gummiauflagen und eine rückseitige Moosgummimaske vom Gehäuse entkoppelt. Darüber setzt Fractal Design für die Grafikkarteninstallation auf zwei Rändelschrauben.