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Nicht ganz so großzügig wie für den Frontradiator sind die Platzverhältnisse beim Deckelradiator. Zum einen soll trotz der 120/140-mm-Lüfterplätze hier maximal ein 240-mm-Radiator installiert werden. Zum anderen bleiben zwischen Mainboardoberkante und Gehäusedeckel nur knapp 3 cm Abstand. Der Radiator bzw. die Radiatorlüfter ragen deshalb praktisch unweigerlich über das Mini-ITX-Mainboard. Das geht nur solange gut, wie keine hohen Bauteile vom Mainboard aufragen und dem Radiator in die Quere kommen. Arbeitsspeicher mit hohen Heatspreadern ist deshalb beispielsweise tabu, wenn man einen Deckelradiator nutzen möchte. Fractal Design selbst gibt die maximale Bauteilhöhe auf dem Mainboard mit 3,5 cm an. Auch unsere eigenen Messungen bestätigen etwa diesen Wert.
Der Mainboardtray verläuft beim Define Nano S in zwei Ebenen. Direkt hinter dem Mainboard kommt er dem Seitenteil schon fast bedrohlich nah. Neben dem Mainboard wird der Tray hingegen weiter ins Gehäuseinnere geführt. Dadurch kann an ihm ein zweiter kombinierter 3,5/2,5-Zoll-Laufwerksplatz bereitgestellt werden. Daneben nimmt ein weiterer Laufwerksträger ausschließlich 2,5-Zoll-Laufwerke auf - dafür dann aber auch gleich zwei Stück. Allerdings verdeckt dieser Laufwerksträger die Aussparung im Tray, die für die Montage von Prozessorkühlern mit Backplate vorgesehen ist. Immerhin können die beiden Tray-Laufwerksträger einfacher ausgebaut werden als der Laufwerksträger am Boden: Es muss nur jeweils eine Rändelschraube gelöst werden.
Die Kabeldurchführungen umrahmen regelrecht das Mini-ITX-Mainboard. Dadurch können die Kabelstränge auf kürzestem Weg zu den jeweiligen Anschlüssen geführt werden. Etwas bedenklich ist aber die Durchführung direkt hinter dem Mainboard - ein langes ATX-Netzteil könnte sie verdecken und so das Kabelmanagement erschweren (das Corsair HX650 gehört zu den kürzeren ATX-Netzteilen). Auch hinter dem Tray geht es zumindest stellenweise doch etwas eng zu. Dickere Kabelstränge wollen möglichst hinter dem Teil des Trays verstaut werden, der weiter vom Seitenteil entfernt ist. Dort streiten sie sich aber gegenenfalls mit dem Laufwerk um den verfügbaren Platz.