Prinzipiell kann der Kühler in vier unterschiedlichen Ausrichtungen montiert werden. Dabei rät Noctua selbst allerdings davon ab, den Kühler in Tower-Gehäusen mit der Heatpipe-Biegung nach oben zu montieren. Die Heatpipes müssen so gegen die Schwerkraft arbeiten, dadurch geht die Kühlperformance etwas zurück. Bei den drei anderen denkbaren Varianten soll es hingegen keinen relevanten Leistungsunterschied geben. Aus Platzgründen kann es sich aber empfehlen, den Kühler so zu montieren, dass die Heatpipes in Richtung der I/O-Blende zeigen. Im Falle unseres Testsystems hatten sie sonst leichten Kontakt zum RAM-Heatspreader. Der Lüfter muss zur Montage nicht unbedingt abgenommen werden, denn die Rotorblätter lassen sich so drehen, dass der Schraubenzieher durch sie und die Aussparung in den Kühlrippen hindurchgeführt werden kann. Die seitlich vom Sockel platzierten Montagebrücken werden vorher mit der beiliegenden Backplate verschraubt.
Wenn die maximale Kühlerhöhe knapp ausfällt, kann der CPU-Lüfter unterhalb der Kühllamellen montiert werden. Der Luftstrom sollte dann durch die Kühlrippen hindurch nach oben gerichtet werden.
Solange es die Platzverhältnisse zulassen, ist der Lüfter oben montiert und nach unten blasend noch etwas wirkungsvoller. Er kann dann auch das Sockelumfeld besser mitkühlen. Dieser Anordnung bietet zudem bei gedrehter Kühlerausrichtung eine bessere RAM-Kompatibilität (bis 70 mm Bauhöhe).
Mit dem beiliegenden zweiten Paar Lüfterklammern ist der Dual-Lüfter-Betrieb einfach zu verwirklichen. Auch hier gilt, dass die RAM-Kompatibilität für den unteren Lüfter zum Problem werden kann. LP-RAM wird knapp überragt, Speicher mit höheren Heatspreadern wie die eingesetzten Corsair Vengeance-Module sind aber zu hoch, um den Kühler um 180 Grad gedreht montieren zu können.