Beim Update über iTunes wird meines Wissens ein komplettes Update gemacht. Sonst bräuchte ja auch nicht die komplette IPSW geladen werden, sondern es könnten direkt die selben Daten wie für das OTA Update geladen werden.
OTA Updates sollten man an sich vermeiden.
1. mit Jailbreak funktionieren die gar nicht --> Bootloop
2. ohne Jailbreak funktionieren sie, aber es kann auch da eher zu Problemen kommen
3. möchte man später doch mal einen Jailbreak drauf machen, gibt es da auch gerne mal Probleme, wenn man nicht vorher eine Wiederherstellung über iTunes gemacht hat.
Generell sollte man nur die Finger von Updates lassen, wenn man nen Jailbreak drauf hat, ihn behalten möchte und es für die aktuellste iOS Version noch keinen Jailbreak gibt.
