Der Blick in den Innenraum macht noch deutlicher, warum das Seitenteil im unteren Bereich getönt wurde. Cooler Master trennt zwar Mainboard- und Netzteilkammer, verzichtet aber auf eine seitliche Verkleidung der Netzteilkammer. Die Aufgabenteilung ist klar: In der Mainboardkammer bleibt viel Platz für lange Erweiterungskarten und der Luftstrom der Frontlüfter wird nicht durch Laufwerkskäfige beeinträchtigt. Unter der Trennwand finden hingegen ATX-Netzteil und Laufwerkskäfig ihren Platz. Das MasterCase Pro 3 wäre aber kein MasterCase, wenn sich dieser Aufbau nicht flexibel anpassen lassen würde. Der Laufwerkskäfig kann so auch nach oben versetzt werden und die Trennwand zwischen beiden Kammern lässt sich einfach ausbauen.
Das ATX-Netzteil ruht auf Gummielementen, wird aber nicht zur Rückwand hin entkoppelt. In den beiden flexiblen Laufwerksschubladen werden 3,5-Zoll-Festplatten einfach eingeclipst und durch dünne Gummiringe entkoppelt. 2,5-Zoll-Laufwerke können mit den Laufwerksschubladen verschraubt werden.
Für die kleinformatigen HDDs bzw. SSDs gibt es aber auch zwei separate Laufwerksträger. Diese Träger werden mit je einer Rändelschraube an der Trennwand zwischen beiden Kammern befestigt. Einer der Träger kann bei Bedarf auch an einer Position hinter dem Mainboardtray befestigt werden. Rändelschrauben halten auch die Erweiterungskarten an ihrem Platz.
Der Blick unter den Deckel macht noch einmal deutlich, wie weit die Lüfter bzw. der Deckelradiator nach oben gesetzt wird. Dadurch bleiben immerhin etwa 6,4 cm Platz bis zu Mainboardoberkante. Die Leiste rechts neben dem Mainboard ist die sogenannte Clip- und Click-Leiste. Die Leiste kann im Gehäuse versetzt werden und ermöglicht zum einen gemeinsam mit einer ähnlichen Leiste an der Front ein Verlagern des Laufwerkskäfig ins Mainboardsegment, zum anderen kann an ihr aber auch ein Ausgleichsbehälter befestigt werden.