nur ne Idee, hast du schonmal versucht, im Bios die Reihenfolge der HDDs umzustellen? Also nicht die Bootreihenfolge (1.HDD, 2. CD-Rom usw.) sondern die der Festplatten untereinander?
(Bei mir muss ich die zB beim Umstellen von AHCI auf IDE und andersrum immer wieder neu einstellen, weil ich...