Wenn du an Hafen A 50 Bier lädtst, an Hafen B aber nur 20 löschen kannst und auf dem gleichen Slot wieder Kohle laden willst, geht das natürlich (auch im echten Leben) nicht. Du kannst bei den Handelsrouten auch einstellen, dass die Ware am Hafen dann über Bord geworfen wird, dann ist der Slot wieder frei.
Ich lege Handelsrouten aber immer nur mit einer Ware an bzw bleibt die Ware auf den Slots immer gleich, damit hatte ich noch nie Probleme.
Was die Produktionsketten angeht, gehe ich gerade in der neuen Welt dazu über, die Zwischenprodukte auf den Inseln einzusammeln und die zentral auf einer bevölkerten Insel zu verarbeiten, damit ich Obreros nicht auf jeder Insel brauche. Das klappt vor allem dann gut, wenn man diese Waren dann in andere Welten exportiert.