Die Frage wird niemand seriös beantworten können, da die Entstehung der Verzögerungen nicht vollständig geklärt ist.
Ansonsten ist anzumerken, dass bei der Ausführung von Anwendungen, welche nicht auf dem Systemlaufwerk installiert sind, vom System im Hintergrund natürlich in gewissem Maße Zugriffe auf's Systemlaufwerk erfolgen. Man kann daher m.E. nicht generell ausschließen, dass Verzögerungen bei der Ausführung solcher von Anwendungen, vom Systemlaufwerk herrühren.
Wie lange hast du das SSD denn schon im Einsatz und wie weit ist es beschrieben? Bei hoher Schreiblast, insb. wenn Trim nicht funktioniert, können die Zugriffszeiten der C300 massiv ansteigen.
Sofern die Angaben in deiner Systeminfo stimmen, wäre auch zu prüfen, ob eine Entschärfung der RAM-Timings Abhilfe schafft. Ich halte aus Erfahrung Cl 7 bei 1333MHz und gleichzeitiger Belegung aller vier DIMM-Slots mit double sided Modulen für eine recht gewagte Einstellung.