Tjo, da ist guter Rat teuer (*tschatsching*, 5 Euro für's Phrasenschwein).
Gibt so viele Möglichkeiten... welche es sein soll, hängt aber auch von der verwendeten Software und deinem persönlichen Risikoprofil ab.
Dummerweise braucht man ja immer ein wenig Speicherplatz unter ESXi - der von den VMs auf diesem Host unabhängig ist - auf dem mindestens die Storage-VM liegt (auf deren Storage dann die weiteren VMs liegen können). Jedenfalls zumindest deren Konfig, in der Regel aber eben auch der virtuelle Datenträger mit dem OS dieser VM. Wenn Du den Inhalt dieses Datenträgers per RAID gegen Ausfälle absichern willst, geht das eben nur, wenn das auf Ebene von ESXI (=Raidcontroller, der ESXi nur ein entsprechendes Volume zur Verfügung stellt) passiert, oder deine Storage-VM kann auch für ihre Systemdisk (inkl. Bootloader & Co.) ein Software-Raid nutzen deren virtuelle Platten "darunter" dann auf zwei unterschiedlichen einzelnen ESXi-Datenträgern liegen. Letzteres ist also quasi Raid1 mit zwei virtuellen Festplatten auf zwei unterschiedlichen physischen Datenträgern (mit dem Ergebnis, dass die VM noch funktionsfähig ist, wenn einer der beiden physischen (oder virtuellen) Datenträger ausfällt.
So hab ich das mit Solaris gemacht:
ESXi hat zwei SM883 (je 240GB) bekommen, die jeweils als einzelne Datenträger ("Disk1" und "Disk2") als Speicher für/von ESXi sichtbar und verwaltbar sind.
Meine Storage VM hat zwei VMDKs mit je 64GB verpasst bekommen, eine VMDK liegt auf Disk1 und eine auf Disk2. (Note: Die restlichen Datenträger bekommt die Storage-VM dann per passthrough.)
Nach der Installation auf Disk1 hab ich unter Solaris dem rpool (die "Systemdisk") die zweite virtuelle "Festplatte" von Disk2 als mirror zugeordnet und nach ein oder zwei Kommandos kann man von beiden VMDKs unabhängig booten (ließ (lässt?) sich leider nicht direkt bei der Installation als/auf Mirror installieren). Fertig ist das Raid1 der Storage-VM auch mit dem Systemdatenträger ganz ohne Raidcontroller.
Was Du damit aber noch nicht erreicht hast, ist die Gesamtkonfiguration deines ESXi-Hosts (inkl. Einstellungen der VMs) über ein Raid abzusichern. Das ist für mich aber nicht so wichtig: ESXi ist schnell installiert und die wesentlichen Konfigs schnell gemacht. Wichtig ist für mich nur, die Storage-VM schnell wieder am Laufen zu haben und dafür muss ich quasi nur den ESXi-Host zur Not wieder neu aufsetzen, Grundeinstellungen (virtuelle Switches, passthrough usw.) vornehmen und zur Not die ESXi-Settings der Storage-VM konfigurieren (falls es ausgerechnet diesen Datenträger dahingerafft haben sollte).
Davon ab ist so ein mirror-rpool eh was Feines.
Ob das mit deinem Wunsch-OS für die Storage-VM auch so (oder so ähnlich) geht, weiss ich nicht.
Statt wie beschrieben über ESXi-Storage mit SATA-SSDs könntest Du theoretisch auch zwei (weitere) NVMe der Storage-VM per passthrough geben und dann daraus das Software-Raid1 in der VM bauen. Dann brauchst Du aber trotzdem noch einen Speicherplatz, wo ESXi zumindest die Konfiguration der VMs, Installations-ISOs usw. ablegen kann (also mindestens eine weitere Disk). Außerdem ist meines Erachtens (!) NVMe-Speicherplatz 1.) nur als System-Disk für die Storage-VM (und dann auch noch als Raid) Perlen vor die Säue und 2.) eine Mischung von Gast-OS und Daten auf diesen NVMe's für eine bessere Nutzung auch "pfui" - Datenpools gehören für mich von den System-Disks (ob virtuell oder physisch) getrennt (schon wegen anderen Raid-Leveln, Performance usw.). Ich würde daher die NVMe's dann lieber "unbefleckt vom Gast-OS" lassen und der Storage-VM lieber ZUSÄTZLICH zu den oben beschriebenen beiden VMDKs mitgeben (darauf dann einen eigenes "Raid" o.ä., auf dem dann z.B. die weiteren VMs oder sonstige Daten liegen).
Aber wie gesagt: viele Wege führen nach Rom. Soll aber alles, was ESXi selbst angeht (inkl. Konfigurationsdateien der VMs), auf einem RAID liegen, kommst Du aber um einen Raidcontroller wohl eher nicht herum.