Es ist für das Abspielen und Erkennen vollkommen(!) egal, wo sich deine Musik auf dem Player befindet und in welchen Ordnern.
Der MTP-Modus legt einfach nur aus Gründen des Komforts (wenn du z.B. Musik von dem Player auf eine andere Festplatte kopieren willst) Ordner und Unterordner an. Unter Windows lässt sich also einfacher durch die Verzeichnisse navigieren.
MTP oder MSC ist also keine Frage der Vollständigkeit von ID3-Tags, sondern eine Frage der "Ordnung" auf dem Player als Laufwerk. Die Sortierung im Menü des Players ist von dieser "Ordnung" aber völlig unabhängig.
Für all diejenigen, die auf die Ordnerfunktion dennoch nicht verzichten können: Nehmt ein Programm zum Überspielen, welches automatisch Ordner für Interpreten und Alben erstellt, z.B. Media Monkey.